Xmipp structure
XMIPP software is split in three repositories (XmippCore, XmippViz and Xmipp) plus the repository regarding to the Scipion’s plugin (scipion-em-xmipp). All this four repositories are in I2PC gitHub.
scipion-em-xmipp: It is the Scipion’s plugin. Protocol (wrappers), viewers, tests… are there. All Xmipp regarding Scipion is there.
xmipp: EM-reconstraction methods. Usually wrote in C++.
xmippCore: Low-level image-processing and EM-images definitions. In addition, metadata_labels, metadata and data are there.
xmippViz: Basically ShowJ, coordinates viewer and Xmipp Picker. Java code.
We call xmipp-bundle to the folder that contains the four
repositories listed above in the following structure.
Main repository
├── CHANGELOG.md
├── cmake
│ ├── fetch_cifpp.cmake
│ ├── fetch_ctpl.cmake
│ ├── fetch_cuFFTAdvisor.cmake
│ ├── fetch_googletest.cmake
│ ├── fetch_libsvm.cmake
│ ├── link_to_scipion.cmake
│ ├── write_bashrc.cmake
│ └── xmipp.bashrc.in
├── CMakeLists.txt
├── installer
│ ├── api.py
│ ├── cmake.py
│ ├── config.py
│ ├── constants
│ │ ├── cmake.py
│ │ ├── config.py
│ │ ├── errors.py
│ │ ├── __init__.py
│ │ ├── main.py
│ │ ├── parser.py
│ │ ├── __pycache__
│ │ │ ├── cmake.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── config.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── errors.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── __init__.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── main.cpython-38.pyc
│ │ │ ├── parser.cpython-38.pyc
│ │ │ └── versions.cpython-38.pyc
│ │ └── versions.py
│ ├── __init__.py
│ ├── logger.py
│ ├── main.py
│ ├── modelsDLTK.py
│ ├── parser.py
│ ├── __pycache__
│ │ ├── api.cpython-38.pyc
│ │ ├── cmake.cpython-38.pyc
│ │ ├── config.cpython-38.pyc
│ │ ├── __init__.cpython-38.pyc
│ │ ├── logger.cpython-38.pyc
│ │ ├── main.cpython-38.pyc
│ │ ├── modelsDLTK.cpython-38.pyc
│ │ ├── parser.cpython-38.pyc
│ │ ├── test.cpython-38.pyc
│ │ └── utils.cpython-38.pyc
│ ├── test.py
│ └── utils.py
├── LICENSE
├── README.md
├── scripts
│ ├── API.py
│ ├── config.py
│ ├── environment.py
│ ├── __init__.py
│ ├── tar.py
│ └── utils.py
├── xmipp
└── xmipp_old
The schematic of the four repositories is shown below.
Xmipp
│ │ ├── applications
│ │ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ │ ├── programs
│ │ │ │ ├── angular_accuracy_pca
│ │ │ │ │ └── angular_accuracy_pca_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_assignment_mag
│ │ │ │ │ └── angular_assignment_mag_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_break_symmetry
│ │ │ │ │ └── angular_break_symmetry_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_commonline
│ │ │ │ │ └── angular_commonline_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign
│ │ │ │ │ └── angular_continuous_assign_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign2
│ │ │ │ │ └── angular_continuous_assign_main2.cpp
│ │ │ │ ├── angular_discrete_assign
│ │ │ │ │ └── angular_discrete_assign_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_distance
│ │ │ │ │ └── angular_distance_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_distribution_show
│ │ │ │ │ └── angular_distribution_show_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_estimate_tilt_axis
│ │ │ │ │ └── angular_estimate_tilt_axis_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_neighbourhood
│ │ │ │ │ └── angular_neighbourhood_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_projection_matching
│ │ │ │ │ └── angular_projection_matching_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_project_library
│ │ │ │ │ └── angular_project_library_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_rotate
│ │ │ │ │ └── angular_rotate_main.cpp
│ │ │ │ ├── angular_sph_alignment
│ │ │ │ │ └── angular_sph_alignment_main.cpp
│ │ │ │ ├── art_zernike3d
│ │ │ │ │ └── art_zernike3d_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_analyze_cluster
│ │ │ │ │ └── classify_analyze_cluster_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_compare_classes
│ │ │ │ │ └── classify_compare_classes_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_evaluate_classes
│ │ │ │ │ └── classify_evaluate_classes_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_extract_features
│ │ │ │ │ └── classify_extract_features_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_first_split
│ │ │ │ │ └── classify_first_split_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_first_split3
│ │ │ │ │ └── classify_first_split3_main.cpp
│ │ │ │ ├── classify_kerdensom
│ │ │ │ │ └── classify_kerdensom_main.cpp
│ │ │ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ │ │ ├── compare_density
│ │ │ │ │ └── compare_density_main.cpp
│ │ │ │ ├── compare_views
│ │ │ │ │ └── compare_views_main.cpp
│ │ │ │ ├── coordinates_noisy_zones_filter
│ │ │ │ │ └── coordinates_noisy_zones_filter_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_phase
│ │ │ │ │ └── ctf_correct_phase_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_wiener2d
│ │ │ │ │ └── ctf_correct_wiener2d_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_wiener3d
│ │ │ │ │ └── ctf_correct_wiener3d_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_enhance_psd
│ │ │ │ │ └── ctf_enhance_psd_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_micrograph
│ │ │ │ │ └── ctf_estimate_from_micrograph_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd
│ │ │ │ │ └── ctf_estimate_from_psd_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd_fast
│ │ │ │ │ └── ctf_estimate_from_psd_fast_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_group
│ │ │ │ │ └── ctf_group_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_phase_flip
│ │ │ │ │ └── ctf_phase_flip_main.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_sort_psds
│ │ │ │ │ └── ctf_sort_psds_main.cpp
│ │ │ │ ├── cuda11_forward_art_zernike3d
│ │ │ │ │ └── cuda_forward_art_zernike3d_main.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_align_significant
│ │ │ │ │ └── cuda_align_significant.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_angular_continuous_assign2
│ │ │ │ │ └── cuda_angular_continuous_assign2_main.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_angular_sph_alignment
│ │ │ │ │ └── cuda_angular_sph_alignment_main.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_movie_alignment_correlation
│ │ │ │ │ └── cuda_movie_alignment_correlation.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_reconstruct_fourier
│ │ │ │ │ └── cuda_reconstruct_fourier_main.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_volume_deform_sph
│ │ │ │ │ └── cuda_volume_deform_sph_main.cpp
│ │ │ │ ├── cuda_volume_halves_restoration
│ │ │ │ │ └── cuda_volume_halves_restoration.cpp
│ │ │ │ ├── flexible_alignment
│ │ │ │ │ └── flexible_alignment_main.cpp
│ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d_subtomos
│ │ │ │ │ └── forward_art_zernike3d_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_images
│ │ │ │ │ └── forward_zernike_images_main.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_images_priors
│ │ │ │ │ └── forward_zernike_images_priors_main.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_subtomos
│ │ │ │ │ └── forward_zernike_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_volume
│ │ │ │ │ └── forward_zernike_volume.cpp
│ │ │ │ ├── image_align
│ │ │ │ │ └── image_align_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_align_tilt_pairs
│ │ │ │ │ └── image_align_tilt_pairs.cpp
│ │ │ │ ├── image_assignment_tilt_pair
│ │ │ │ │ └── assignment_tilt_pair_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_convert
│ │ │ │ │ └── image_convert_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_eliminate_byEnergy
│ │ │ │ │ └── image_eliminate_byEnergy_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_eliminate_empty_particles
│ │ │ │ │ └── image_eliminate_empty_particles_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_find_center
│ │ │ │ │ └── image_find_center_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_header
│ │ │ │ │ └── image_header_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_histogram
│ │ │ │ │ └── image_histogram_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_odd_even
│ │ │ │ │ └── image_odd_even_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_operate
│ │ │ │ │ └── image_operate_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_peak_high_contrast
│ │ │ │ │ └── image_peak_high_contrast.cpp
│ │ │ │ ├── image_residuals
│ │ │ │ │ └── image_residuals_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_resize
│ │ │ │ │ └── image_resize.cpp
│ │ │ │ ├── image_rotational_pca
│ │ │ │ │ └── image_rotational_pca_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_sort_by_statistics
│ │ │ │ │ └── image_sort_by_statistics_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_ssnr
│ │ │ │ │ └── image_ssnr_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_statistics
│ │ │ │ │ └── image_statistics_main.cpp
│ │ │ │ ├── image_vectorize
│ │ │ │ │ └── image_vectorize_main.cpp
│ │ │ │ ├── local_volume_adjust
│ │ │ │ │ └── local_volume_adjust_main.cpp
│ │ │ │ ├── matrix_dimred
│ │ │ │ │ └── matrix_dimred_main.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_histogram
│ │ │ │ │ └── metadata_histogram_main.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_import
│ │ │ │ │ └── metadata_import_main.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_split
│ │ │ │ │ └── metadata_split_main.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_split_3D
│ │ │ │ │ └── metadata_split_3D_main.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_utilities
│ │ │ │ │ └── metadata_utilities_main.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_xml
│ │ │ │ │ └── metadata_xml_main.cpp
│ │ │ │ ├── micrograph_automatic_picking
│ │ │ │ │ └── micrograph_automatic_picking_main.cpp
│ │ │ │ ├── micrograph_scissor
│ │ │ │ │ └── micrograph_scissor_main.cpp
│ │ │ │ ├── ml_align2d
│ │ │ │ │ └── ml_align2d_main.cpp
│ │ │ │ ├── mlf_align2d
│ │ │ │ │ └── mlf_align2d_main.cpp
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation
│ │ │ │ │ └── movie_alignment_correlation.cpp
│ │ │ │ ├── movie_estimate_gain
│ │ │ │ │ └── movie_estimate_gain_main.cpp
│ │ │ │ ├── movie_filter_dose
│ │ │ │ │ └── movie_filter_dose.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_accuracy_pca
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_accuracy_pca_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_assignment_mag
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_assignment_mag_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_class_average
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_class_average_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_continuous_assign
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_continuous_assign_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_continuous_assign2
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_continuous_assign_main2.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_discrete_assign
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_discrete_assign_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_projection_matching
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_projection_matching_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_project_library
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_project_library_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_sph_alignment
│ │ │ │ │ └── mpi_angular_sph_alignment_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CL2D
│ │ │ │ │ └── mpi_classify_CL2D_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CL2D_core_analysis
│ │ │ │ │ └── mpi_classify_CL2D_core_analysis_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CLTomo_prog
│ │ │ │ │ └── mpi_classify_CLTomo_prog_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_FTTRI
│ │ │ │ │ └── mpi_classify_FTTRI_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_ctf_correct_phase
│ │ │ │ │ └── mpi_ctf_correct_phase_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_ctf_correct_wiener2d
│ │ │ │ │ └── mpi_ctf_correct_wiener2d_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_ctf_sort_psds
│ │ │ │ │ └── mpi_ctf_sort_psds_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_cuda_reconstruct_fourier
│ │ │ │ │ └── mpi_cuda_reconstruct_fourier_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_forward_zernike_images
│ │ │ │ │ └── mpi_forward_zernike_images_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_forward_zernike_images_priors
│ │ │ │ │ └── mpi_forward_zernike_images_priors_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_forward_zernike_subtomos
│ │ │ │ │ └── mpi_forward_zernike_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_eliminate_byEnergy
│ │ │ │ │ └── mpi_image_eliminate_byEnergy_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_operate
│ │ │ │ │ └── mpi_image_operate_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_resize
│ │ │ │ │ └── mpi_image_resize_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_rotational_pca
│ │ │ │ │ └── mpi_image_rotational_pca_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_sort
│ │ │ │ │ └── mpi_image_sort_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_ssnr
│ │ │ │ │ └── mpi_image_ssnr_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_ml_align2d
│ │ │ │ │ └── mpi_ml_align2d_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_mlf_align2d
│ │ │ │ │ └── mpi_mlf_align2d_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_multireference_aligneability
│ │ │ │ │ └── mpi_multireference_aligneability_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_nma_alignment
│ │ │ │ │ └── mpi_nma_alignment_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_nma_alignment_vol
│ │ │ │ │ └── mpi_nma_alignment_vol_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_performance_test
│ │ │ │ │ └── mpi_performance_test_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_art
│ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_art_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier
│ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_fourier_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier_accel
│ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_fourier_accel_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_significant
│ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_significant_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_wbp
│ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_wbp_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_run
│ │ │ │ │ └── mpi_run_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_subtomo_subtraction
│ │ │ │ │ └── mpi_subtomo_subtraction.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_subtract_projection
│ │ │ │ │ └── mpi_subtract_projection_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_adjust_image_grey_levels
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_adjust_image_grey_levels_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_filter
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_filter_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_geometry
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_geometry_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_mask
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_mask_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_normalize
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_normalize_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_symmetrize
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_symmetrize.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_transform_threshold
│ │ │ │ │ └── mpi_transform_threshold_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_validation_nontilt
│ │ │ │ │ └── mpi_validation_nontilt_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_volumeset_align
│ │ │ │ │ └── mpi_volumeset_align_main.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_write_test
│ │ │ │ │ └── mpi_write_test.cpp
│ │ │ │ ├── multireference_aligneability
│ │ │ │ │ └── multireference_aligneabililty_main.cpp
│ │ │ │ ├── nma_alignment
│ │ │ │ │ └── nma_alignment_main.cpp
│ │ │ │ ├── nma_alignment_vol
│ │ │ │ │ └── nma_alignment_vol_main.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_analysis
│ │ │ │ │ └── pdb_analysis_main.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_label_from_volume
│ │ │ │ │ └── pdb_label_from_volume_main.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_nma_deform
│ │ │ │ │ └── pdb_nma_deform_main.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_reduce_pseudoatoms
│ │ │ │ │ └── pdb_reduce_pseudoatoms_main.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_sph_deform
│ │ │ │ │ └── pdb_sph_deform_main.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_create
│ │ │ │ │ └── phantom_create_main.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_movie
│ │ │ │ │ └── phantom_movie_main.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_project
│ │ │ │ │ └── phantom_project_main.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_simulate_microscope
│ │ │ │ │ └── phantom_simulate_microscope_main.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_transform
│ │ │ │ │ └── phantom_transform_main.cpp
│ │ │ │ ├── psd_estimate
│ │ │ │ │ └── psd_estimate_main.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_art
│ │ │ │ │ └── reconstruct_art_main.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier
│ │ │ │ │ └── reconstruct_fourier_main.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_accel
│ │ │ │ │ └── reconstruct_fourier_accel_main.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_significant
│ │ │ │ │ └── reconstruct_significant_main.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_wbp
│ │ │ │ │ └── reconstruct_wbp_main.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_directional
│ │ │ │ │ └── resolution_directional_main.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_fsc
│ │ │ │ │ └── resolution_fsc_main.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_fso
│ │ │ │ │ └── resolution_fso.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_localfilter
│ │ │ │ │ └── resolution_localfilter_main.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_monogenic_signal
│ │ │ │ │ └── resolution_monogenic_signal_main.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_monotomo
│ │ │ │ │ └── resolution_monotomo_main.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_pdb_bfactor
│ │ │ │ │ └── resolution_pdb_bfactor_main.cpp
│ │ │ │ ├── subtomo_subtraction
│ │ │ │ │ └── subtomo_subtraction_main.cpp
│ │ │ │ ├── subtract_projection
│ │ │ │ │ └── subtract_projection_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_average_subtomos
│ │ │ │ │ └── tomo_average_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_detect_missing_wedge
│ │ │ │ │ └── tomo_detect_missing_wedge_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_extract_particlestacks
│ │ │ │ │ └── tomo_extract_particlestacks_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_extract_subtomograms
│ │ │ │ │ └── tomo_extract_subtomograms_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_filter_coordinates
│ │ │ │ │ └── tomo_filter_coordinates.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_map_back
│ │ │ │ │ └── tomo_map_back_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_project
│ │ │ │ │ └── tomo_project_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_simulate_tilt_series
│ │ │ │ │ └── tomo_simulate_tilt_series_main.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_tiltseries_dose_filter
│ │ │ │ │ └── tomo_tiltseries_dose_filter_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_add_noise
│ │ │ │ │ └── transform_add_noise_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_adjust_image_grey_levels
│ │ │ │ │ └── transform_adjust_image_grey_levels_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_adjust_volume_grey_levels
│ │ │ │ │ └── transform_adjust_volume_grey_levels_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_center_image
│ │ │ │ │ └── transform_center_image_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_dimred
│ │ │ │ │ └── transform_dimred_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_downsample
│ │ │ │ │ └── transform_downsample_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_filter
│ │ │ │ │ └── transform_filter_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_geometry
│ │ │ │ │ └── transform_geometry_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_mask
│ │ │ │ │ └── transform_mask_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_mirror
│ │ │ │ │ └── transform_mirror_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_morphology
│ │ │ │ │ └── transform_morphology_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_normalize
│ │ │ │ │ └── transform_normalize_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_randomize_phases
│ │ │ │ │ └── transform_randomize_phases_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_symmetrize
│ │ │ │ │ └── transform_symmetrize_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_threshold
│ │ │ │ │ └── transform_threshold_main.cpp
│ │ │ │ ├── transform_window
│ │ │ │ │ └── transform_window_main.cpp
│ │ │ │ ├── validation_nontilt
│ │ │ │ │ └── validation_nontilt_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_align
│ │ │ │ │ └── volume_align_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_apply_coefficient_zernike3d
│ │ │ │ │ └── volume_apply_coefficient_zernike3d.cpp
│ │ │ │ ├── volume_apply_deform_sph
│ │ │ │ │ └── volume_apply_deform_sph.cpp
│ │ │ │ ├── volume_center
│ │ │ │ │ └── volume_center_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_correct_bfactor
│ │ │ │ │ └── volume_correct_bfactor_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_deform_sph
│ │ │ │ │ └── volume_deform_sph_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_find_symmetry
│ │ │ │ │ └── volume_find_symmetry_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_from_pdb
│ │ │ │ │ └── volume_from_pdb_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_halves_restoration
│ │ │ │ │ └── volume_halves_restoration_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_initial_simulated_annealing
│ │ │ │ │ └── volume_initial_simulated_annealing_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_local_sharpening
│ │ │ │ │ └── volume_local_sharpening_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_segment
│ │ │ │ │ └── volume_segment_main.cpp
│ │ │ │ ├── volumeset_align
│ │ │ │ │ └── volumeset_align_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_structure_factor
│ │ │ │ │ └── volume_structure_factor_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_subtraction
│ │ │ │ │ └── volume_subtraction_main.cpp
│ │ │ │ ├── volume_to_pseudoatoms
│ │ │ │ │ └── volume_to_pseudoatoms_main.cpp
│ │ │ │ └── volume_to_web
│ │ │ │ └── volume_to_web_main.cpp
│ │ │ ├── scripts
│ │ │ │ ├── cl2d_clustering
│ │ │ │ │ └── cl2d_clustering.py
│ │ │ │ ├── classify_pca
│ │ │ │ │ └── batch_classify_pca.py
│ │ │ │ ├── classify_pca_train
│ │ │ │ │ └── batch_classify_pca_train.py
│ │ │ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ │ │ ├── compile
│ │ │ │ │ └── batch_compile.py
│ │ │ │ ├── coordinates_consensus
│ │ │ │ │ └── coordinates_consensus.py
│ │ │ │ ├── deep_center
│ │ │ │ │ └── batch_deep_center.py
│ │ │ │ ├── deep_center_predict
│ │ │ │ │ └── batch_deep_center_predict.py
│ │ │ │ ├── deep_consensus
│ │ │ │ │ ├── deep_consensus.py
│ │ │ │ │ └── helpers
│ │ │ │ │ ├── howToPretrainDeepConsensus.txt
│ │ │ │ │ └── protocol_prepare_deepConsensus.py
│ │ │ │ ├── deep_global_assignment
│ │ │ │ │ └── batch_deep_global_assignment.py
│ │ │ │ ├── deep_global_assignment_predict
│ │ │ │ │ └── batch_deep_global_assignment_predict.py
│ │ │ │ ├── deep_hand
│ │ │ │ │ └── batch_deep_hand.py
│ │ │ │ ├── deep_micrograph_cleaner
│ │ │ │ │ └── deep_micrograph_cleaner.py
│ │ │ │ ├── deep_misalignment_detection
│ │ │ │ │ └── batch_deep_misalignment_detection.py
│ │ │ │ ├── deepRes_resolution
│ │ │ │ │ └── batch_deepRes_resolution.py
│ │ │ │ ├── deep_volume_postprocessing
│ │ │ │ │ └── deep_volume_postprocessing.py
│ │ │ │ ├── denoising_tv
│ │ │ │ │ └── denoising_tv.py
│ │ │ │ ├── extract_particles
│ │ │ │ │ └── extract_particles.py
│ │ │ │ ├── graph_max_cut
│ │ │ │ │ └── graph_max_cut.py
│ │ │ │ ├── metadata_selfile_create
│ │ │ │ │ └── batch_metadata_selfile_create.py
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CLTomo
│ │ │ │ │ └── batch_mpi_classify_CLTomo.sh
│ │ │ │ ├── pdb_center
│ │ │ │ │ └── batch_pdb_center.py
│ │ │ │ ├── pdb_select
│ │ │ │ │ └── batch_pdb_select.py
│ │ │ │ ├── pick_noise
│ │ │ │ │ └── pick_noise.py
│ │ │ │ ├── preprocess_mics
│ │ │ │ │ └── preprocess_mics.py
│ │ │ │ ├── swiftalign_aligned_2d_classification
│ │ │ │ │ └── swiftalign_aligned_2d_classfication.py
│ │ │ │ ├── sync_data
│ │ │ │ │ └── batch_sync_data.py
│ │ │ │ ├── test_script_importing_module
│ │ │ │ │ └── batch_test_script_importing_module.py
│ │ │ │ ├── tomogram_reconstruction
│ │ │ │ │ └── tomogram_reconstruction.py
│ │ │ │ └── volume_consensus
│ │ │ │ └── volume_consensus.py
│ │ │ └── tests
│ │ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ │ └── function_tests
│ │ │ ├── aft_tests.h
│ │ │ ├── aiterative_alignment_tests.h
│ │ │ ├── alignment_test_utils.h
│ │ │ ├── arotation_estimator_tests.h
│ │ │ ├── ashift_corr_estimator_tests.h
│ │ │ ├── ashift_estimator_tests.h
│ │ │ ├── asingle_extrema_finder_tests.h
│ │ │ ├── test_cif_main.cpp
│ │ │ ├── test_ctf_main.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_fft.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_flexalign_correlate.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_geo_transformer_apply_bspline_transform.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_geo_transformer_produce_and_load_coeffs.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_iterative_alignment_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_polar_rotation_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_shift_corr_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_single_extrema_finder.cpp
│ │ │ ├── test_cuda_volume_halves_restoration.cpp
│ │ │ ├── test_dimred_main.cpp
│ │ │ ├── test_euler_main.cpp
│ │ │ ├── test_fftw_main.cpp
│ │ │ ├── test_fftwt.cpp
│ │ │ ├── test_filename_main.cpp
│ │ │ ├── test_filters_main.cpp
│ │ │ ├── test_fringe_processing_main.cpp
│ │ │ ├── test_funcs_main.cpp
│ │ │ ├── test_geometry_main.cpp
│ │ │ ├── test_image_generic_main.cpp
│ │ │ ├── test_image_main.cpp
│ │ │ ├── test_iterative_alignment_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_matrix_main.cpp
│ │ │ ├── test_metadata_db_main.cpp
│ │ │ ├── test_metadata_vec_main.cpp
│ │ │ ├── test_movie_filter_dose.cpp
│ │ │ ├── test_multidim_main.cpp
│ │ │ ├── test_pocs_main.cpp
│ │ │ ├── test_polar_main.cpp
│ │ │ ├── test_polar_rotation_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_polynomials_main.cpp
│ │ │ ├── test_psd_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_radAvgNonCubic_main.cpp
│ │ │ ├── test_resolution_frc.cpp
│ │ │ ├── test_sampling_main.cpp
│ │ │ ├── test_shift_corr_estimator.cpp
│ │ │ ├── test_single_extrema_finder.cpp
│ │ │ ├── test_symmetries_main.cpp
│ │ │ ├── test_transformation_main.cpp
│ │ │ ├── test_transform_window.cpp
│ │ │ ├── test_volume_subtraction_main.cpp
│ │ │ └── test_wavelets_main.cpp
│ │ ├── bindings
│ │ │ ├── matlab
│ │ │ │ ├── mirt3D_mexinterp.cpp
│ │ │ │ ├── mirt3D_mexinterp.m
│ │ │ │ ├── README
│ │ │ │ ├── tom_calc_periodogram.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_adjust_ctf.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_adjust_ctf.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_align2d.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_align2d.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_align2d_stack.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_ctf_correct_phase.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_ctf_correct_phase.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_helpers.h
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_mask.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_mask.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_mirror.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_mirror.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_morphology.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_morphology.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_normalize.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_normalize.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_psd_enhance.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_psd_enhance.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_resolution.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_resolution.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_rotate.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_rotate.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_scale.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_scale.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_scale_pyramid.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_scale_pyramid.m
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_volume_segment.cpp
│ │ │ │ ├── tom_xmipp_volume_segment.m
│ │ │ │ ├── xmipp_calculate_strain.m
│ │ │ │ ├── xmipp_ctf_for_metadata_row.m
│ │ │ │ ├── xmipp_ctf_generate_filter.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_read_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_read_alignment.m
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_save_cluster.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_save_cluster.m
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_selection_tool_gui.fig
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_selection_tool_gui.m
│ │ │ │ ├── xmipp_nma_selection_tool.m
│ │ │ │ ├── xmipp_read.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_read.m
│ │ │ │ ├── xmipp_read_metadata.m
│ │ │ │ ├── xmipp_read_structure_factor.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_show_structure_factor.m
│ │ │ │ ├── xmipp_write.cpp
│ │ │ │ └── xmipp_write.m
│ │ │ └── python
│ │ │ ├── envs_DLTK
│ │ │ │ ├── condaVersionRestriction.md
│ │ │ │ ├── xmipp_deepEMhancer.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_DLTK_v0.3-gpu.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_DLTK_v0.3.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_DLTK_v1.0-gpu.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_DLTK_v1.0.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_graph.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_MicCleaner.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_pyTorch-gpu.yml
│ │ │ │ ├── xmipp_pyTorch.yml
│ │ │ │ └── xtomo_tigre.yml
│ │ │ ├── python_constants.cpp
│ │ │ ├── python_filename.cpp
│ │ │ ├── python_filename.h
│ │ │ ├── python_fourierprojector.cpp
│ │ │ ├── python_fourierprojector.h
│ │ │ ├── python_image.cpp
│ │ │ ├── python_image.h
│ │ │ ├── python_metadata.cpp
│ │ │ ├── python_metadata.h
│ │ │ ├── python_program.cpp
│ │ │ ├── python_program.h
│ │ │ ├── python_symmetry.cpp
│ │ │ ├── python_symmetry.h
│ │ │ ├── xmipp_base.py
│ │ │ ├── xmipp_conda_envs.py
│ │ │ ├── xmippmodule.cpp
│ │ │ ├── xmippmodule.h
│ │ │ └── xmipp.py
│ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ ├── external
│ │ │ ├── condor
│ │ │ │ ├── CNLSolver.cpp
│ │ │ │ ├── CTRSSolver.cpp
│ │ │ │ ├── IntPoly.cpp
│ │ │ │ ├── IntPoly.h
│ │ │ │ ├── KeepBests.cpp
│ │ │ │ ├── KeepBests.h
│ │ │ │ ├── Matrix.cpp
│ │ │ │ ├── Matrix.h
│ │ │ │ ├── MatrixTriangle.cpp
│ │ │ │ ├── MatrixTriangle.h
│ │ │ │ ├── MSSolver.cpp
│ │ │ │ ├── MultInd.cpp
│ │ │ │ ├── MultInd.h
│ │ │ │ ├── ObjectiveFunction.cpp
│ │ │ │ ├── ObjectiveFunction.h
│ │ │ │ ├── parallel.cpp
│ │ │ │ ├── parallel.h
│ │ │ │ ├── Poly.cpp
│ │ │ │ ├── Poly.h
│ │ │ │ ├── QPSolver.cpp
│ │ │ │ ├── Solver.h
│ │ │ │ ├── tools.cpp
│ │ │ │ ├── tools.h
│ │ │ │ ├── UTRSSolver.cpp
│ │ │ │ ├── VectorChar.cpp
│ │ │ │ ├── VectorChar.h
│ │ │ │ ├── Vector.cpp
│ │ │ │ ├── Vector.h
│ │ │ │ ├── VectorInt.cpp
│ │ │ │ └── VectorInt.h
│ │ │ ├── delaunay
│ │ │ │ ├── dcel.cpp
│ │ │ │ ├── dcel.h
│ │ │ │ ├── defines.h
│ │ │ │ ├── delaunay.cpp
│ │ │ │ ├── delaunay.h
│ │ │ │ ├── graph.cpp
│ │ │ │ ├── graph.h
│ │ │ │ ├── point.cpp
│ │ │ │ ├── point.h
│ │ │ │ ├── polygon.cpp
│ │ │ │ ├── polygon.h
│ │ │ │ ├── sorting.cpp
│ │ │ │ ├── sorting.h
│ │ │ │ ├── stack.cpp
│ │ │ │ ├── stack.h
│ │ │ │ ├── triangulation.cpp
│ │ │ │ ├── triangulation.h
│ │ │ │ ├── voronoi.cpp
│ │ │ │ └── voronoi.h
│ │ │ └── sh_alignment
│ │ │ ├── frm.cpp
│ │ │ ├── frm.i
│ │ │ ├── frm_wrap.cpp
│ │ │ ├── lib_err.cpp
│ │ │ ├── lib_err.h
│ │ │ ├── lib_eul.cpp
│ │ │ ├── lib_eul.h
│ │ │ ├── lib_pio.cpp
│ │ │ ├── lib_pio.h
│ │ │ ├── lib_pwk.cpp
│ │ │ ├── lib_pwk.h
│ │ │ ├── lib_std.cpp
│ │ │ ├── lib_std.h
│ │ │ ├── lib_tim.cpp
│ │ │ ├── lib_tim.h
│ │ │ ├── lib_vec.cpp
│ │ │ ├── lib_vec.h
│ │ │ ├── lib_vio.cpp
│ │ │ ├── lib_vio.h
│ │ │ ├── lib_vwk.cpp
│ │ │ ├── lib_vwk.h
│ │ │ ├── numpy.i
│ │ │ ├── python
│ │ │ │ ├── constrained_frm.py
│ │ │ │ ├── frm.py
│ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ ├── tompy
│ │ │ │ │ ├── filter.py
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ ├── io.py
│ │ │ │ │ ├── plot.py
│ │ │ │ │ ├── score.py
│ │ │ │ │ ├── tools.py
│ │ │ │ │ └── transform.py
│ │ │ │ └── vol2sf.py
│ │ │ ├── README
│ │ │ ├── situs.h
│ │ │ ├── SpharmonicKit27
│ │ │ │ ├── BACKGROUND
│ │ │ │ ├── config.h
│ │ │ │ ├── cospmls.cpp
│ │ │ │ ├── cospmls.h
│ │ │ │ ├── csecond.cpp
│ │ │ │ ├── csecond.h
│ │ │ │ ├── FFTcode.cpp
│ │ │ │ ├── FFTcode.h
│ │ │ │ ├── fft_grids.cpp
│ │ │ │ ├── fft_grids.h
│ │ │ │ ├── fftpack.h
│ │ │ │ ├── FST_semi_memo.cpp
│ │ │ │ ├── FST_semi_memo.h
│ │ │ │ ├── indextables.cpp
│ │ │ │ ├── indextables.h
│ │ │ │ ├── LICENSE
│ │ │ │ ├── MathFace.cpp
│ │ │ │ ├── MathFace.h
│ │ │ │ ├── naive_synthesis.cpp
│ │ │ │ ├── naive_synthesis.h
│ │ │ │ ├── newFCT.cpp
│ │ │ │ ├── newFCT.h
│ │ │ │ ├── oddweights.cpp
│ │ │ │ ├── oddweights.h
│ │ │ │ ├── OURmods.cpp
│ │ │ │ ├── OURmods.h
│ │ │ │ ├── OURperms.cpp
│ │ │ │ ├── OURperms.h
│ │ │ │ ├── permroots.h
│ │ │ │ ├── primitive.cpp
│ │ │ │ ├── primitive_FST.cpp
│ │ │ │ ├── primitive_FST.h
│ │ │ │ ├── primitive.h
│ │ │ │ ├── README
│ │ │ │ ├── seminaive.cpp
│ │ │ │ ├── seminaive.h
│ │ │ │ ├── weights.cpp
│ │ │ │ └── weights.h
│ │ │ └── swig_frm.py
│ │ ├── legacy
│ │ │ ├── applications
│ │ │ │ ├── programs
│ │ │ │ │ ├── angular_resolution_alignment
│ │ │ │ │ │ └── angular_resolution_alignment_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── classify_kmeans_2d
│ │ │ │ │ │ └── classify_kmeans_2d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── classify_significant
│ │ │ │ │ │ └── classify_significant_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── ctf_correct_idr
│ │ │ │ │ │ └── ctf_correct_idr_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── ctf_create_ctfdat
│ │ │ │ │ │ └── ctf_create_ctfdat_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── ctf_show
│ │ │ │ │ │ └── ctf_show_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── cuda_correlation
│ │ │ │ │ │ └── cuda_correlation_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── evaluate_coordinates
│ │ │ │ │ │ └── evaluate_coordinates_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── extract_subset
│ │ │ │ │ │ ├── prog_extract_subset_main.cpp
│ │ │ │ │ │ └── prog_extract_subset_main.h
│ │ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d
│ │ │ │ │ │ └── forward_art_zernike3d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── idr_xray_tomo
│ │ │ │ │ │ └── idr_xray_tomo_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── image_common_lines
│ │ │ │ │ │ └── image_common_lines_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── image_rotational_spectra
│ │ │ │ │ │ └── image_rotational_spectra_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── image_separate_objects
│ │ │ │ │ │ └── image_separate_objects_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── metadata_convert_to_spider
│ │ │ │ │ │ └── metadata_convert_to_spider_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mlf_refine3d
│ │ │ │ │ │ └── mlf_refine3d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── ml_refine3d
│ │ │ │ │ │ └── ml_refine3d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── ml_tomo
│ │ │ │ │ │ └── ml_tomo_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_ctf_correct_idr
│ │ │ │ │ │ └── mpi_ctf_correct_idr_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_mlf_refine3d
│ │ │ │ │ │ └── mpi_mlf_refine3d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_ml_refine3d
│ │ │ │ │ │ └── mpi_ml_refine3d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_ml_tomo
│ │ │ │ │ │ └── mpi_ml_tomo_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_admm
│ │ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_admm_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_tomo_extract_subvolume
│ │ │ │ │ │ └── mpi_tomo_extract_subvolume.cpp
│ │ │ │ │ ├── mpi_xray_project
│ │ │ │ │ │ └── mpi_xray_project_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── mrc_create_metadata
│ │ │ │ │ │ └── mrc_create_metadata_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── parallel_forward_art_zernike3d
│ │ │ │ │ │ └── parallel_forward_art_zernike3d_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── parallel_forward_art_zernike3d_float
│ │ │ │ │ │ └── parallel_forward_art_zernike3d_float_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── pdb_construct_dictionary
│ │ │ │ │ │ └── pdb_construct_dictionary_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── pdb_restore_with_dictionary
│ │ │ │ │ │ └── pdb_restore_with_dictionary_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── reconstruct_admm
│ │ │ │ │ │ └── reconstruct_admm_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── reconstruct_art_pseudo
│ │ │ │ │ │ └── reconstruct_art_pseudo_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── reconstruct_art_xray
│ │ │ │ │ │ └── reconstruct_art_xray_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── resolution_ibw
│ │ │ │ │ │ └── resolution_ibw_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── resolution_ssnr
│ │ │ │ │ │ └── resolution_ssnr_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── score_micrograph
│ │ │ │ │ │ └── score_micrograph_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── starpu_reconstruct_fourier
│ │ │ │ │ │ └── starpu_reconstruct_fourier_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── tomo_align_dual_tilt_series
│ │ │ │ │ │ └── tomo_align_dual_tilt_series_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── tomo_align_refinement
│ │ │ │ │ │ └── tomo_align_refinement_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── tomo_align_tilt_series
│ │ │ │ │ │ └── tomo_align_tilt_series_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── tomo_extract_subvolume
│ │ │ │ │ │ └── tomo_extract_volume_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── tomo_remove_fluctuations
│ │ │ │ │ │ └── tomo_remove_fluctuations_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── transform_range_adjust
│ │ │ │ │ │ └── transform_range_adjust_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── validation_tilt_pairs
│ │ │ │ │ │ └── validation_tilt_pairs_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── volume_enhance_contrast
│ │ │ │ │ │ └── volume_enhance_contrast_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── volume_pca
│ │ │ │ │ │ └── volume_pca_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── volume_reslice
│ │ │ │ │ │ └── volume_reslice_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── volume_validate_pca
│ │ │ │ │ │ └── volume_validate_pca_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── work_test
│ │ │ │ │ │ └── work_test.cpp
│ │ │ │ │ ├── xray_import
│ │ │ │ │ │ └── xray_import_main.cpp
│ │ │ │ │ ├── xray_project
│ │ │ │ │ │ └── xray_project_main.cpp
│ │ │ │ │ └── xray_psf_create
│ │ │ │ │ └── xray_psf_create_main.cpp
│ │ │ │ └── scripts
│ │ │ │ ├── apropos
│ │ │ │ │ └── batch_apropos.py
│ │ │ │ ├── cone_deepalign
│ │ │ │ │ └── batch_cone_deepalign.py
│ │ │ │ ├── cone_deepalign_predict
│ │ │ │ │ └── batch_cone_deepalign_predict.py
│ │ │ │ ├── deep_denoising
│ │ │ │ │ └── batch_deep_denoising.py
│ │ │ │ └── particle_boxsize
│ │ │ │ └── batch_particle_boxsize.py
│ │ │ ├── install_cuda_github.sh
│ │ │ ├── install_cuda_travis.sh
│ │ │ └── libraries
│ │ │ ├── data
│ │ │ │ ├── psf_xr.cpp
│ │ │ │ └── psf_xr.h
│ │ │ ├── parallel
│ │ │ │ ├── mpi_project_XR.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_project_XR.h
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_admm.cpp
│ │ │ │ └── mpi_reconstruct_admm.h
│ │ │ ├── reconstruction
│ │ │ │ ├── angular_resolution_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── angular_resolution_alignment.h
│ │ │ │ ├── art_xray.cpp
│ │ │ │ ├── art_xray.h
│ │ │ │ ├── classify_kmeans_2d.cpp
│ │ │ │ ├── classify_kmeans_2d.h
│ │ │ │ ├── classify_significant.cpp
│ │ │ │ ├── classify_significant.h
│ │ │ │ ├── common_lines.cpp
│ │ │ │ ├── common_lines.h
│ │ │ │ ├── ctf_correct_idr.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_idr.h
│ │ │ │ ├── ctf_create_ctfdat.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_show.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_show.h
│ │ │ │ ├── evaluate_coordinates.cpp
│ │ │ │ ├── evaluate_coordinates.h
│ │ │ │ ├── extract_subset.cpp
│ │ │ │ ├── extract_subset.h
│ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d.cpp
│ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d.h
│ │ │ │ ├── idr_xray_tomo.cpp
│ │ │ │ ├── idr_xray_tomo.h
│ │ │ │ ├── image_rotational_spectra.cpp
│ │ │ │ ├── image_rotational_spectra.h
│ │ │ │ ├── image_separate_objects.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_convert_to_spider.cpp
│ │ │ │ ├── ml_refine3d.cpp
│ │ │ │ ├── ml_refine3d.h
│ │ │ │ ├── ml_tomo.cpp
│ │ │ │ ├── ml_tomo.h
│ │ │ │ ├── parallel_forward_art_zernike3d.cpp
│ │ │ │ ├── parallel_forward_art_zernike3d_floats.cpp
│ │ │ │ ├── parallel_forward_art_zernike3d_floats.h
│ │ │ │ ├── parallel_forward_art_zernike3d.h
│ │ │ │ ├── pdb_construct_dictionary.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_construct_dictionary.h
│ │ │ │ ├── pdb_restore_with_dictionary.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_restore_with_dictionary.h
│ │ │ │ ├── project_xray.cpp
│ │ │ │ ├── project_xray.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_ADMM.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_ADMM.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_art_pseudo.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_art_pseudo.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_art_xray.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_art_xray.h
│ │ │ │ ├── resolution_ibw.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_ibw.h
│ │ │ │ ├── resolution_ssnr.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_ssnr.h
│ │ │ │ ├── score_micrograph.cpp
│ │ │ │ ├── score_micrograph.h
│ │ │ │ ├── tomo_align_dual_tilt_series.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_align_dual_tilt_series.h
│ │ │ │ ├── tomo_align_refinement.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_align_refinement.h
│ │ │ │ ├── tomo_align_tilt_series.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_align_tilt_series.h
│ │ │ │ ├── tomo_extract_subvolume.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_extract_subvolume.h
│ │ │ │ ├── tomo_remove_fluctuations.cpp
│ │ │ │ ├── tomo_remove_fluctuations.h
│ │ │ │ ├── transform_range_adjust.cpp
│ │ │ │ ├── validation_tilt_pairs.cpp
│ │ │ │ ├── validation_tilt_pairs.h
│ │ │ │ ├── volume_enhance_contrast.cpp
│ │ │ │ ├── volume_enhance_contrast.h
│ │ │ │ ├── volume_pca.cpp
│ │ │ │ ├── volume_pca.h
│ │ │ │ ├── volume_reslice.cpp
│ │ │ │ ├── volume_validate_pca.cpp
│ │ │ │ ├── volume_validate_pca.h
│ │ │ │ ├── xray_import.cpp
│ │ │ │ ├── xray_import.h
│ │ │ │ └── xray_psf_create.cpp
│ │ │ ├── reconstruction_adapt_cuda
│ │ │ │ ├── xmipp_gpu_correlation.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_gpu_correlation.h
│ │ │ │ ├── xmipp_gpu_utils.cpp
│ │ │ │ └── xmipp_gpu_utils.h
│ │ │ ├── reconstruction_starpu
│ │ │ │ ├── mpi
│ │ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier_starpu.cpp
│ │ │ │ │ └── mpi_reconstruct_fourier_starpu.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_codelet_load_projections.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_codelet_padded_image_to_fft.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_codelet_reconstruct.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_codelet_redux.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_codelets.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_codelets.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_defines.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_scheduler.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_scheduler.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_timing.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_timing.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_util.h
│ │ │ │ └── util
│ │ │ │ └── queue_bag.h
│ │ │ └── tomo
│ │ │ ├── resolution_monotomo.cpp
│ │ │ └── resolution_monotomo.h
│ │ ├── libraries
│ │ │ ├── classification
│ │ │ │ ├── ahc_classifier.cpp
│ │ │ │ ├── ahc_classifier.h
│ │ │ │ ├── analyze_cluster.cpp
│ │ │ │ ├── analyze_cluster.h
│ │ │ │ ├── base_algorithm.h
│ │ │ │ ├── batch_som.cpp
│ │ │ │ ├── batch_som.h
│ │ │ │ ├── code_book.cpp
│ │ │ │ ├── code_book.h
│ │ │ │ ├── data_set.h
│ │ │ │ ├── data_types.h
│ │ │ │ ├── fcmeans.cpp
│ │ │ │ ├── fcmeans.h
│ │ │ │ ├── fkcn.cpp
│ │ │ │ ├── fkcn.h
│ │ │ │ ├── fuzzy_code_book.cpp
│ │ │ │ ├── fuzzy_code_book.h
│ │ │ │ ├── fuzzy_som.cpp
│ │ │ │ ├── fuzzy_som.h
│ │ │ │ ├── gaussian_kerdensom.cpp
│ │ │ │ ├── gaussian_kerdensom.h
│ │ │ │ ├── kerdensom.cpp
│ │ │ │ ├── kerdensom.h
│ │ │ │ ├── knn_classifier.cpp
│ │ │ │ ├── knn_classifier.h
│ │ │ │ ├── kSVD.cpp
│ │ │ │ ├── kSVD.h
│ │ │ │ ├── map.cpp
│ │ │ │ ├── map.h
│ │ │ │ ├── naive_bayes.cpp
│ │ │ │ ├── naive_bayes.h
│ │ │ │ ├── pca.cpp
│ │ │ │ ├── pca.h
│ │ │ │ ├── sammon.cpp
│ │ │ │ ├── sammon.h
│ │ │ │ ├── som.cpp
│ │ │ │ ├── som.h
│ │ │ │ ├── svm_classifier.cpp
│ │ │ │ ├── svm_classifier.h
│ │ │ │ ├── svm.cpp
│ │ │ │ ├── training_set.h
│ │ │ │ ├── training_vector.cpp
│ │ │ │ ├── training_vector.h
│ │ │ │ └── vector_ops.h
│ │ │ ├── data
│ │ │ │ ├── aft.h
│ │ │ │ ├── alignment_estimation.h
│ │ │ │ ├── alignment_result.h
│ │ │ │ ├── array_2D.h
│ │ │ │ ├── basic_pca.cpp
│ │ │ │ ├── basic_pca.h
│ │ │ │ ├── basis.cpp
│ │ │ │ ├── basis.h
│ │ │ │ ├── blobs.cpp
│ │ │ │ ├── blobs.h
│ │ │ │ ├── bspline_grid.h
│ │ │ │ ├── chimeraTesterC.txt
│ │ │ │ ├── chimeraTesterD.txt
│ │ │ │ ├── chimeraTesterI2.txt
│ │ │ │ ├── chimeraTesterO.txt
│ │ │ │ ├── chimeraTesterT.txt
│ │ │ │ ├── cpu.cpp
│ │ │ │ ├── cpu.h
│ │ │ │ ├── ctf.cpp
│ │ │ │ ├── ctf.h
│ │ │ │ ├── cuda_compatibility.h
│ │ │ │ ├── dimensions.h
│ │ │ │ ├── euler.cpp
│ │ │ │ ├── euler.h
│ │ │ │ ├── fft_settings.cpp
│ │ │ │ ├── fft_settings.h
│ │ │ │ ├── fftwT.cpp
│ │ │ │ ├── fftwT.h
│ │ │ │ ├── filters.cpp
│ │ │ │ ├── filters.h
│ │ │ │ ├── fourier_filter.cpp
│ │ │ │ ├── fourier_filter.h
│ │ │ │ ├── fourier_projection.cpp
│ │ │ │ ├── fourier_projection.h
│ │ │ │ ├── grids.cpp
│ │ │ │ ├── grids.h
│ │ │ │ ├── hw.h
│ │ │ │ ├── image_operate.cpp
│ │ │ │ ├── image_operate.h
│ │ │ │ ├── image_resize.cpp
│ │ │ │ ├── image_resize.h
│ │ │ │ ├── integration.cpp
│ │ │ │ ├── integration.h
│ │ │ │ ├── local_alignment_result.h
│ │ │ │ ├── mask.cpp
│ │ │ │ ├── mask.h
│ │ │ │ ├── micrograph.cpp
│ │ │ │ ├── micrograph.h
│ │ │ │ ├── monogenic_signal.cpp
│ │ │ │ ├── monogenic_signal.h
│ │ │ │ ├── morphology.cpp
│ │ │ │ ├── morphology.h
│ │ │ │ ├── normalize.cpp
│ │ │ │ ├── normalize.h
│ │ │ │ ├── numerical_tools.cpp
│ │ │ │ ├── numerical_tools.h
│ │ │ │ ├── pdb.cpp
│ │ │ │ ├── pdb.h
│ │ │ │ ├── phantom.cpp
│ │ │ │ ├── phantom.h
│ │ │ │ ├── point2D.h
│ │ │ │ ├── point3D.h
│ │ │ │ ├── point.h
│ │ │ │ ├── polar.cpp
│ │ │ │ ├── polar.h
│ │ │ │ ├── projection.cpp
│ │ │ │ ├── projection.h
│ │ │ │ ├── rectangle.h
│ │ │ │ ├── rotational_spectrum.cpp
│ │ │ │ ├── rotational_spectrum.h
│ │ │ │ ├── sampling.cpp
│ │ │ │ ├── sampling.h
│ │ │ │ ├── sparse_matrix2d.cpp
│ │ │ │ ├── sparse_matrix2d.h
│ │ │ │ ├── spherical_harmonics.cpp
│ │ │ │ ├── spherical_harmonics.h
│ │ │ │ ├── splines.cpp
│ │ │ │ ├── splines.h
│ │ │ │ ├── steerable.cpp
│ │ │ │ ├── steerable.h
│ │ │ │ ├── symmetries.cpp
│ │ │ │ ├── symmetries.h
│ │ │ │ ├── transform_downsample.cpp
│ │ │ │ ├── transform_downsample.h
│ │ │ │ ├── transform_geometry.cpp
│ │ │ │ ├── transform_geometry.h
│ │ │ │ ├── unitCell.cpp
│ │ │ │ ├── unitCell.h
│ │ │ │ ├── vectorial.h
│ │ │ │ ├── wavelet.cpp
│ │ │ │ ├── wavelet.h
│ │ │ │ ├── wiener2d.cpp
│ │ │ │ ├── wiener2d.h
│ │ │ │ ├── xmipp_image_convert.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_image_convert.h
│ │ │ │ ├── xmipp_image_over.cpp
│ │ │ │ ├── xmipp_image_over.h
│ │ │ │ ├── xmipp_polynomials.cpp
│ │ │ │ └── xmipp_polynomials.h
│ │ │ ├── dimred
│ │ │ │ ├── diffusionMaps.cpp
│ │ │ │ ├── diffusionMaps.h
│ │ │ │ ├── dimred_tools.cpp
│ │ │ │ ├── dimred_tools.h
│ │ │ │ ├── gplvm.cpp
│ │ │ │ ├── gplvm.h
│ │ │ │ ├── hessianLLE.cpp
│ │ │ │ ├── hessianLLE.h
│ │ │ │ ├── kernelPCA.cpp
│ │ │ │ ├── kernelPCA.h
│ │ │ │ ├── laplacianEigenmaps.cpp
│ │ │ │ ├── laplacianEigenmaps.h
│ │ │ │ ├── lltsa.cpp
│ │ │ │ ├── lltsa.h
│ │ │ │ ├── lpp.cpp
│ │ │ │ ├── lpp.h
│ │ │ │ ├── ltsa.cpp
│ │ │ │ ├── ltsa.h
│ │ │ │ ├── matrix_dimred.cpp
│ │ │ │ ├── matrix_dimred.h
│ │ │ │ ├── nca.cpp
│ │ │ │ ├── nca.h
│ │ │ │ ├── npe.cpp
│ │ │ │ ├── npe.h
│ │ │ │ ├── pca.cpp
│ │ │ │ ├── pca.h
│ │ │ │ ├── probabilisticPCA.cpp
│ │ │ │ ├── probabilisticPCA.h
│ │ │ │ ├── spe.cpp
│ │ │ │ ├── spe.h
│ │ │ │ ├── transform_dimred.cpp
│ │ │ │ └── transform_dimred.h
│ │ │ ├── interface
│ │ │ │ ├── docfile.cpp
│ │ │ │ ├── docfile.h
│ │ │ │ ├── frm.cpp
│ │ │ │ ├── frm.h
│ │ │ │ ├── python_utils.cpp
│ │ │ │ ├── python_utils.h
│ │ │ │ ├── selfile.cpp
│ │ │ │ ├── selfile.h
│ │ │ │ ├── spider.cpp
│ │ │ │ ├── spider.h
│ │ │ │ └── virus.h
│ │ │ ├── parallel
│ │ │ │ ├── mpi_angular_accuracy_pca.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_accuracy_pca.h
│ │ │ │ ├── mpi_angular_assignment_mag.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_assignment_mag.h
│ │ │ │ ├── mpi_angular_class_average.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_class_average.h
│ │ │ │ ├── mpi_angular_continuous_assign.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_projection_matching.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_projection_matching.h
│ │ │ │ ├── mpi_angular_project_library.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_angular_sph_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CL2D_core_analysis.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CL2D_core_analysis.h
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CL2D.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CL2D.h
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CLTomo.h
│ │ │ │ ├── mpi_classify_CLTomo_prog.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_FTTRI.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_classify_FTTRI.h
│ │ │ │ ├── mpi_forward_zernike_images.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_forward_zernike_images_priors.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_forward_zernike_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_rotational_pca.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_image_rotational_pca.h
│ │ │ │ ├── mpi_image_sort.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_ml_align2d.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_ml_align2d.h
│ │ │ │ ├── mpi_multireference_aligneability.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_multireference_aligneability.h
│ │ │ │ ├── mpi_nma_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_nma_alignment_vol.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_nma_alignment_vol.h
│ │ │ │ ├── mpi_performance_test.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_performance_test.h
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_art.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_art.h
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier_accel.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier_accel.h
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier.h
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_significant.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_significant.h
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_wbp.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_wbp.h
│ │ │ │ ├── mpi_run.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_subtomo_subtraction.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_subtomo_subtraction.h
│ │ │ │ ├── mpi_subtract_projection.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_subtract_projection.h
│ │ │ │ ├── mpi_transform_adjust_image_grey_levels.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_validation_nontilt.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_validation_nontilt.h
│ │ │ │ ├── mpi_volumeset_align.cpp
│ │ │ │ ├── mpi_volumeset_align.h
│ │ │ │ ├── xmipp_mpi.cpp
│ │ │ │ └── xmipp_mpi.h
│ │ │ ├── parallel_adapt_cuda
│ │ │ │ ├── mpi_reconstruct_fourier_gpu.cpp
│ │ │ │ └── mpi_reconstruct_fourier_gpu.h
│ │ │ ├── parallel_adapt_cuda11
│ │ │ ├── py_xmipp
│ │ │ │ ├── classifyPcaFuntion
│ │ │ │ │ ├── assessment.py
│ │ │ │ │ ├── bnb_gpu.py
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ └── pca_gpu.py
│ │ │ │ ├── coordinatesTools
│ │ │ │ │ ├── coordinatesTools.py
│ │ │ │ │ └── __init__.py
│ │ │ │ ├── deepConsensusWorkers
│ │ │ │ │ ├── deepConsensus_deepLearning1.py
│ │ │ │ │ ├── deepConsensus_networkDef.py
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ └── updateModels.py
│ │ │ │ ├── deepDenoising
│ │ │ │ │ ├── augmentators.py
│ │ │ │ │ ├── dataGenerator.py
│ │ │ │ │ ├── DeepLearningGeneric.py
│ │ │ │ │ ├── gan.py
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ └── unet.py
│ │ │ │ ├── deepLearningToolkitUtils
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ └── utils.py
│ │ │ │ ├── deepResLearner
│ │ │ │ │ ├── cnn_deepRes_1_7.py
│ │ │ │ │ ├── cnn_deepRes_2_13.py
│ │ │ │ │ └── __init__.py
│ │ │ │ ├── example_module2
│ │ │ │ │ ├── example_inmodule2.py
│ │ │ │ │ └── __init__.py
│ │ │ │ ├── example_module.py
│ │ │ │ └── swiftalign
│ │ │ │ ├── alignment
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ └── InPlaneTransformCorrector.py
│ │ │ │ ├── classification
│ │ │ │ │ ├── aligned_2d_classficiation.py
│ │ │ │ │ └── __init__.py
│ │ │ │ ├── image
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ ├── Path.py
│ │ │ │ │ ├── read.py
│ │ │ │ │ ├── torch_utils
│ │ │ │ │ │ ├── Dataset.py
│ │ │ │ │ │ └── __init__.py
│ │ │ │ │ ├── utils.py
│ │ │ │ │ └── write.py
│ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ ├── metadata
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ ├── labels.py
│ │ │ │ │ ├── read.py
│ │ │ │ │ ├── utils.py
│ │ │ │ │ └── write.py
│ │ │ │ ├── operators
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ └── MaskFlattener.py
│ │ │ │ ├── transform
│ │ │ │ │ ├── affine_2d.py
│ │ │ │ │ ├── affine_matrix_2d.py
│ │ │ │ │ ├── euler_to_matrix.py
│ │ │ │ │ ├── euler_to_quaternion.py
│ │ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ │ ├── matrix_to_euler.py
│ │ │ │ │ ├── quaternion_arithmetic.py
│ │ │ │ │ ├── quaternion_to_matrix.py
│ │ │ │ │ ├── rotation_matrix_2d.py
│ │ │ │ │ └── twist_swing_decomposition.py
│ │ │ │ └── utils
│ │ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ │ ├── LruCache.py
│ │ │ │ └── progress_bar.py
│ │ │ ├── reconstruction
│ │ │ │ ├── aalign_significant.cpp
│ │ │ │ ├── aalign_significant.h
│ │ │ │ ├── adjust_volume_grey_levels.cpp
│ │ │ │ ├── adjust_volume_grey_levels.h
│ │ │ │ ├── aextrema_finder.cpp
│ │ │ │ ├── aextrema_finder.h
│ │ │ │ ├── ageo_transformer.h
│ │ │ │ ├── align2d.cpp
│ │ │ │ ├── align2d.h
│ │ │ │ ├── align_tilt_pairs.cpp
│ │ │ │ ├── align_tilt_pairs.h
│ │ │ │ ├── align_type.h
│ │ │ │ ├── amerit_computer.h
│ │ │ │ ├── angular_accuracy_pca.cpp
│ │ │ │ ├── angular_accuracy_pca.h
│ │ │ │ ├── angular_assignment_mag.cpp
│ │ │ │ ├── angular_assignment_mag.h
│ │ │ │ ├── angular_break_symmetry.cpp
│ │ │ │ ├── angular_break_symmetry.h
│ │ │ │ ├── angular_commonline.cpp
│ │ │ │ ├── angular_commonline.h
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign2.cpp
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign2.h
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign.cpp
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign.h
│ │ │ │ ├── angular_discrete_assign.cpp
│ │ │ │ ├── angular_discrete_assign.h
│ │ │ │ ├── angular_distance.cpp
│ │ │ │ ├── angular_distance.h
│ │ │ │ ├── angular_distribution_show.cpp
│ │ │ │ ├── angular_estimate_tilt_axis.cpp
│ │ │ │ ├── angular_estimate_tilt_axis.h
│ │ │ │ ├── angular_neighbourhood.cpp
│ │ │ │ ├── angular_neighbourhood.h
│ │ │ │ ├── angular_projection_matching.cpp
│ │ │ │ ├── angular_projection_matching.h
│ │ │ │ ├── angular_project_library.cpp
│ │ │ │ ├── angular_project_library.h
│ │ │ │ ├── angular_rotate.cpp
│ │ │ │ ├── angular_sph_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── angular_sph_alignment.h
│ │ │ │ ├── arotation_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── arotation_estimator.h
│ │ │ │ ├── art_crystal.cpp
│ │ │ │ ├── art_crystal.h
│ │ │ │ ├── art_zernike3d.cpp
│ │ │ │ ├── art_zernike3d.h
│ │ │ │ ├── ashift_corr_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── ashift_corr_estimator.h
│ │ │ │ ├── ashift_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── ashift_estimator.h
│ │ │ │ ├── base_art_recons.cpp
│ │ │ │ ├── base_art_recons.h
│ │ │ │ ├── basic_art.cpp
│ │ │ │ ├── basic_art.h
│ │ │ │ ├── bspline_geo_transformer.cpp
│ │ │ │ ├── bspline_geo_transformer.h
│ │ │ │ ├── bspline_helper.cpp
│ │ │ │ ├── bspline_helper.h
│ │ │ │ ├── classify_compare_classes.cpp
│ │ │ │ ├── classify_compare_classes.h
│ │ │ │ ├── classify_evaluate_classes.cpp
│ │ │ │ ├── classify_evaluate_classes.h
│ │ │ │ ├── classify_extract_features.cpp
│ │ │ │ ├── classify_extract_features.h
│ │ │ │ ├── classify_first_split3.cpp
│ │ │ │ ├── classify_first_split3.h
│ │ │ │ ├── classify_first_split.cpp
│ │ │ │ ├── classify_first_split.h
│ │ │ │ ├── classify_kerdensom.cpp
│ │ │ │ ├── compare_density.cpp
│ │ │ │ ├── compare_density.h
│ │ │ │ ├── compare_views.cpp
│ │ │ │ ├── compare_views.h
│ │ │ │ ├── coordinates_noisy_zones_filter.cpp
│ │ │ │ ├── coordinates_noisy_zones_filter.h
│ │ │ │ ├── correlation_computer.cpp
│ │ │ │ ├── correlation_computer.h
│ │ │ │ ├── ctf_correct_phase.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_phase.h
│ │ │ │ ├── ctf_correct_wiener2d.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_wiener2d.h
│ │ │ │ ├── ctf_correct_wiener3d.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_correct_wiener3d.h
│ │ │ │ ├── ctf_enhance_psd.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_enhance_psd.h
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_micrograph.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_micrograph.h
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd_base.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd_base.h
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd_fast.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd_fast.h
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_from_psd.h
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_psd_with_arma.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_estimate_psd_with_arma.h
│ │ │ │ ├── ctf_group.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_group.h
│ │ │ │ ├── ctf_phase_flip.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_phase_flip.h
│ │ │ │ ├── ctf_sort_psds.cpp
│ │ │ │ ├── ctf_sort_psds.h
│ │ │ │ ├── denoise.cpp
│ │ │ │ ├── denoise.h
│ │ │ │ ├── directions.cpp
│ │ │ │ ├── directions.h
│ │ │ │ ├── eq_system_solver.cpp
│ │ │ │ ├── eq_system_solver.h
│ │ │ │ ├── flexible_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── flexible_alignment.h
│ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d_subtomos.h
│ │ │ │ ├── forward_zernike_images.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_images.h
│ │ │ │ ├── forward_zernike_images_priors.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_images_priors.h
│ │ │ │ ├── forward_zernike_subtomos.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_subtomos.h
│ │ │ │ ├── forward_zernike_volume.cpp
│ │ │ │ ├── forward_zernike_volume.h
│ │ │ │ ├── fringe_processing.cpp
│ │ │ │ ├── fringe_processing.h
│ │ │ │ ├── gpu_geo_transformer_defines.h
│ │ │ │ ├── image_assignment_tilt_pair.cpp
│ │ │ │ ├── image_assignment_tilt_pair.h
│ │ │ │ ├── image_eliminate_byEnergy.cpp
│ │ │ │ ├── image_eliminate_byEnergy.h
│ │ │ │ ├── image_eliminate_empty_particles.cpp
│ │ │ │ ├── image_eliminate_empty_particles.h
│ │ │ │ ├── image_find_center.cpp
│ │ │ │ ├── image_header.cpp
│ │ │ │ ├── image_histogram.cpp
│ │ │ │ ├── image_odd_even.cpp
│ │ │ │ ├── image_odd_even.h
│ │ │ │ ├── image_peak_high_contrast.cpp
│ │ │ │ ├── image_peak_high_contrast.h
│ │ │ │ ├── image_rotational_pca.cpp
│ │ │ │ ├── image_rotational_pca.h
│ │ │ │ ├── image_sort_by_statistics.cpp
│ │ │ │ ├── image_sort_by_statistics.h
│ │ │ │ ├── image_statistics.cpp
│ │ │ │ ├── image_vectorize.cpp
│ │ │ │ ├── iterative_alignment_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── iterative_alignment_estimator.h
│ │ │ │ ├── local_volume_adjust.cpp
│ │ │ │ ├── local_volume_adjust.h
│ │ │ │ ├── mean_shift.cpp
│ │ │ │ ├── mean_shift.h
│ │ │ │ ├── metadata_histogram.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_split_3D.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_split_3D.h
│ │ │ │ ├── metadata_split.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_utilities.cpp
│ │ │ │ ├── metadata_xml.cpp
│ │ │ │ ├── micrograph_automatic_picking2.cpp
│ │ │ │ ├── micrograph_automatic_picking2.h
│ │ │ │ ├── micrograph_scissor.cpp
│ │ │ │ ├── ml2d.cpp
│ │ │ │ ├── ml2d.h
│ │ │ │ ├── ml_align2d.cpp
│ │ │ │ ├── ml_align2d.h
│ │ │ │ ├── mlf_align2d.cpp
│ │ │ │ ├── mlf_align2d.h
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation_base.cpp
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation_base.h
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation.cpp
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation.h
│ │ │ │ ├── movie_alignment_gpu_defines.h
│ │ │ │ ├── movie_estimate_gain.cpp
│ │ │ │ ├── movie_estimate_gain.h
│ │ │ │ ├── movie_filter_dose.cpp
│ │ │ │ ├── movie_filter_dose.h
│ │ │ │ ├── multireference_aligneability.cpp
│ │ │ │ ├── multireference_aligneability.h
│ │ │ │ ├── nma_alignment.cpp
│ │ │ │ ├── nma_alignment.h
│ │ │ │ ├── nma_alignment_vol.cpp
│ │ │ │ ├── nma_alignment_vol.h
│ │ │ │ ├── pdb_analysis.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_analysis.h
│ │ │ │ ├── pdb_label_from_volume.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_label_from_volume.h
│ │ │ │ ├── pdb_nma_deform.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_nma_deform.h
│ │ │ │ ├── pdb_reduce_pseudoatoms.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_reduce_pseudoatoms.h
│ │ │ │ ├── pdb_sph_deform.cpp
│ │ │ │ ├── pdb_sph_deform.h
│ │ │ │ ├── phantom_movie.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_movie.h
│ │ │ │ ├── phantom_movie_param_estimator.m
│ │ │ │ ├── phantom_simulate_microscope.cpp
│ │ │ │ ├── phantom_simulate_microscope.h
│ │ │ │ ├── phantom_transform.cpp
│ │ │ │ ├── polar_rotation_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── polar_rotation_estimator.h
│ │ │ │ ├── precompute_sampling.cpp
│ │ │ │ ├── precompute_sampling.h
│ │ │ │ ├── program_extension.cpp
│ │ │ │ ├── program_extension.h
│ │ │ │ ├── program_filter.cpp
│ │ │ │ ├── program_filter.h
│ │ │ │ ├── program_image_residuals.cpp
│ │ │ │ ├── program_image_residuals.h
│ │ │ │ ├── program_image_ssnr.cpp
│ │ │ │ ├── program_image_ssnr.h
│ │ │ │ ├── project.cpp
│ │ │ │ ├── project_crystal.cpp
│ │ │ │ ├── project_crystal.h
│ │ │ │ ├── project.h
│ │ │ │ ├── project_real_shears.cpp
│ │ │ │ ├── project_real_shears.h
│ │ │ │ ├── project_tomography.cpp
│ │ │ │ ├── project_tomography.h
│ │ │ │ ├── psd_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── psd_estimator.h
│ │ │ │ ├── radon.cpp
│ │ │ │ ├── radon.h
│ │ │ │ ├── recons.h
│ │ │ │ ├── recons_misc.cpp
│ │ │ │ ├── recons_misc.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_art.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_art.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_accel.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_accel.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_buffer_data.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_defines.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_projection_traverse_space.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_significant.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_significant.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_wbp.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_wbp.h
│ │ │ │ ├── refinement.cpp
│ │ │ │ ├── refinement.h
│ │ │ │ ├── resolution_directional.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_directional.h
│ │ │ │ ├── resolution_fsc.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_fsc.h
│ │ │ │ ├── resolution_fso.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_fso.h
│ │ │ │ ├── resolution_localfilter.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_localfilter.h
│ │ │ │ ├── resolution_monogenic_signal.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_monogenic_signal.h
│ │ │ │ ├── resolution_pdb_bfactor.cpp
│ │ │ │ ├── resolution_pdb_bfactor.h
│ │ │ │ ├── shift_corr_estimator.cpp
│ │ │ │ ├── shift_corr_estimator.h
│ │ │ │ ├── single_extrema_finder.cpp
│ │ │ │ ├── single_extrema_finder.h
│ │ │ │ ├── subtomo_subtraction.cpp
│ │ │ │ ├── subtomo_subtraction.h
│ │ │ │ ├── subtract_projection.cpp
│ │ │ │ ├── subtract_projection.h
│ │ │ │ ├── symmetrize.cpp
│ │ │ │ ├── symmetrize.h
│ │ │ │ ├── threshold.cpp
│ │ │ │ ├── threshold.h
│ │ │ │ ├── transform_add_noise.cpp
│ │ │ │ ├── transform_adjust_image_grey_levels.cpp
│ │ │ │ ├── transform_adjust_image_grey_levels.h
│ │ │ │ ├── transform_center_image.cpp
│ │ │ │ ├── transform_morphology.cpp
│ │ │ │ ├── transform_window.cpp
│ │ │ │ ├── validation_nontilt.cpp
│ │ │ │ ├── validation_nontilt.h
│ │ │ │ ├── volume_align_prog.cpp
│ │ │ │ ├── volume_apply_coefficient_zernike3d.cpp
│ │ │ │ ├── volume_apply_coefficient_zernike3d.h
│ │ │ │ ├── volume_apply_deform_sph.cpp
│ │ │ │ ├── volume_apply_deform_sph.h
│ │ │ │ ├── volume_correct_bfactor.cpp
│ │ │ │ ├── volume_correct_bfactor.h
│ │ │ │ ├── volume_deform_sph.cpp
│ │ │ │ ├── volume_deform_sph.h
│ │ │ │ ├── volume_find_symmetry.cpp
│ │ │ │ ├── volume_from_pdb.cpp
│ │ │ │ ├── volume_from_pdb.h
│ │ │ │ ├── volume_halves_restoration.cpp
│ │ │ │ ├── volume_halves_restoration.h
│ │ │ │ ├── volume_initial_simulated_annealing.cpp
│ │ │ │ ├── volume_initial_simulated_annealing.h
│ │ │ │ ├── volume_local_sharpening.cpp
│ │ │ │ ├── volume_local_sharpening.h
│ │ │ │ ├── volume_segment.cpp
│ │ │ │ ├── volume_segment.h
│ │ │ │ ├── volumeset_align.cpp
│ │ │ │ ├── volumeset_align.h
│ │ │ │ ├── volume_structure_factor.cpp
│ │ │ │ ├── volume_subtraction.cpp
│ │ │ │ ├── volume_subtraction.h
│ │ │ │ ├── volume_to_pseudoatoms.cpp
│ │ │ │ ├── volume_to_pseudoatoms.h
│ │ │ │ └── volume_to_web.cpp
│ │ │ ├── reconstruction_adapt_cuda
│ │ │ │ ├── align_significant_gpu.cpp
│ │ │ │ ├── align_significant_gpu.h
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign2_gpu.cpp
│ │ │ │ ├── angular_continuous_assign2_gpu.h
│ │ │ │ ├── angular_sph_alignment_gpu.cpp
│ │ │ │ ├── angular_sph_alignment_gpu.h
│ │ │ │ ├── basic_mem_manager.h
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation_gpu.cpp
│ │ │ │ ├── movie_alignment_correlation_gpu.h
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_gpu.cpp
│ │ │ │ ├── reconstruct_fourier_gpu.h
│ │ │ │ ├── volume_deform_sph_gpu.cpp
│ │ │ │ ├── volume_deform_sph_gpu.h
│ │ │ │ ├── volume_halves_restoration_gpu.cpp
│ │ │ │ └── volume_halves_restoration_gpu.h
│ │ │ ├── reconstruction_adapt_cuda11
│ │ │ │ ├── forward_art_zernike3d_gpu.cpp
│ │ │ │ └── forward_art_zernike3d_gpu.h
│ │ │ ├── reconstruction_cuda
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│ │ │ │ ├── cuda_single_extrema_finder.cu
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│ │ │ └── tomo
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│ │ │ ├── tomo_ctf_wiener2d_correction.h
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│ │ │ ├── tomo_extract_particlestacks.h
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│ │ │ ├── tomo_extract_subtomograms.h
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│ │ │ ├── tomo_filter_coordinates.h
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│ │ │ ├── tomo_map_back.h
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│ │ │ ├── tomo_simulate_tilt_series.h
│ │ │ ├── tomo_tiltseries_dose_filter.cpp
│ │ │ └── tomo_tiltseries_dose_filter.h
│ │ ├── resources
│ │ │ └── test
│ │ │ ├── dimred
│ │ │ │ ├── clusters.txt
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│ │ │ │ ├── helix.txt
│ │ │ │ ├── hessianlle.txt
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│ │ │ │ ├── laplacianEigenmap.txt
│ │ │ │ ├── lltsaSCG.txt
│ │ │ │ ├── lltsa.txt
│ │ │ │ ├── lpp.txt
│ │ │ │ ├── ltsa.txt
│ │ │ │ ├── nca.txt
│ │ │ │ ├── npe.txt
│ │ │ │ ├── probabilisticPCA.txt
│ │ │ │ ├── spe.txt
│ │ │ │ ├── swiss.txt
│ │ │ │ └── twinpeaks.txt
│ │ │ ├── EMX
│ │ │ │ ├── EMXread.emx
│ │ │ │ ├── EMXwrite_badly_formed_assert.emx
│ │ │ │ ├── EMXwrite_badly_formed.emx
│ │ │ │ ├── EMXwrite.emx
│ │ │ │ └── emx.xsd
│ │ │ ├── filters
│ │ │ │ ├── KLH.tif
│ │ │ │ └── test2.spi
│ │ │ ├── funcs
│ │ │ │ ├── singleImage.mrc
│ │ │ │ └── singleImage.spi
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│ │ │ │ ├── mappedFile.vol
│ │ │ │ ├── progVol.vol
│ │ │ │ ├── singleImage.hed
│ │ │ │ ├── singleImage.img
│ │ │ │ ├── singleImage.inf
│ │ │ │ ├── singleImage.mrc
│ │ │ │ ├── singleImage.raw
│ │ │ │ ├── singleImage.raw.inf
│ │ │ │ ├── singleImage.spi
│ │ │ │ ├── singleImage_swap.spi
│ │ │ │ ├── singleImage.tif
│ │ │ │ ├── smallStack.hed
│ │ │ │ ├── smallStack.img
│ │ │ │ ├── smallStack.mrcs
│ │ │ │ ├── smallStack.stk
│ │ │ │ ├── smallVolumeStackCorrupted.stk
│ │ │ │ ├── smallVolumeStack.stk
│ │ │ │ ├── smallVolume.vol
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│ │ │ │ ├── test2.spi
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│ │ │ │ └── test2_wrap_true.spi
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│ │ │ │ ├── mDsource.xmd
│ │ │ │ ├── mDsource.xml
│ │ │ │ ├── noXmipp.xmd
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│ │ │ │ ├── smallStack.stk
│ │ │ │ ├── symop.star
│ │ │ │ ├── WriteIntermediateBlock2.xmd
│ │ │ │ └── WriteIntermediateBlock.xmd
│ │ │ ├── polynomials
│ │ │ │ └── down1_42_Periodogramavg.psd
│ │ │ ├── pythoninterface
│ │ │ │ ├── Bsoft
│ │ │ │ │ └── symop.star
│ │ │ │ ├── importObject.xmd
│ │ │ │ ├── progVol.vol
│ │ │ │ ├── singleImage.spi
│ │ │ │ ├── smallStack.stk
│ │ │ │ ├── sum.spi
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│ │ │ └── sampling
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scipion-em-xmipp
│ ├── scipion-em-xmipp
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│ │ │ └── viewers
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xmippCore
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│ │ │ ├── xmipp_log.h
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│ │ │ └── xvsmooth.h
│ │ ├── legacy
│ │ ├── LICENSE
│ │ ├── README.md
│ │ ├── scripts
│ │ │ ├── ci_build
│ │ │ └── version.py
│ │ └── sonar-project.properties
xmippViz
│ └── xmippViz
│ ├── applications
│ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ └── scripts
│ │ ├── CMakeLists.txt
│ │ ├── metadata_plot
│ │ │ └── batch_metadata_plot.py
│ │ └── showj
│ │ └── batch_showj.py
│ ├── bindings
│ │ ├── java
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│ │ │ ├── xmipp_Aux.h
│ │ │ ├── xmipp_CTFDescription.cpp
│ │ │ ├── xmipp_CTFDescription.h
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│ │ │ ├── xmipp_Filename.cpp
│ │ │ ├── xmipp_Filename.h
│ │ │ ├── xmipp_ImageGeneric.cpp
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│ │ │ ├── xmipp_InternalData.h
│ │ │ ├── xmipp_java_adapter.h
│ │ │ ├── xmipp_MDRow.cpp
│ │ │ ├── xmipp_MDRow.h
│ │ │ ├── xmipp_MetaData.cpp
│ │ │ ├── xmipp_MetaData.h
│ │ │ ├── xmipp_PickingClassifier.cpp
│ │ │ ├── xmipp_PickingClassifier.h
│ │ │ ├── xmipp_Program.cpp
│ │ │ ├── xmipp_Program.h
│ │ │ ├── xmipp_Projection.cpp
│ │ │ ├── xmipp_Projection.h
│ │ │ ├── xmipp_TiltPairAligner.cpp
│ │ │ └── xmipp_TiltPairAligner.h
│ │ └── python
│ │ └── xmippViz.py
│ ├── CHANGELOG.md
│ ├── cmake
│ │ └── enum.java.in
│ ├── CMakeLists.txt
│ ├── external
│ │ └── imagej.tgz
│ ├── java
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│ │ │ ├── sqlite-jdbc-3.7.15-M1.jar
│ │ │ ├── vecmath.jar
│ │ │ └── VIB-lib.jar
│ │ └── src
│ │ ├── HandleExtraFileTypes.java
│ │ └── xmipp
│ │ ├── ij
│ │ │ ├── commons
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│ │ │ │ ├── PollTimer.java
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│ │ │ │ ├── XmippImageJ.java
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│ │ │ └── plugins
│ │ │ └── maskstoolbar
│ │ │ ├── AboutMasksToolBar.java
│ │ │ ├── ICONS.java
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│ │ │ ├── MasksToolBarPlugin.java
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│ │ │ └── plugins.config
│ │ ├── jni
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│ │ │ ├── FilenameTest.java
│ │ │ ├── imagegeneric.stk
│ │ │ ├── ImageGenericTest.java
│ │ │ ├── MetadataTest.java
│ │ │ ├── singleImage2.spi
│ │ │ ├── singleImage.spi
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│ │ │ └── XmippTest.java
│ │ ├── tomography
│ │ │ └── alignment
│ │ │ ├── Matrix.java
│ │ │ ├── Tomography.java
│ │ │ └── TomoSerieAligner.java
│ │ ├── utils
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│ │ │ ├── ColorIcon.java
│ │ │ ├── ColorRenderer.java
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│ │ │ ├── Params.java
│ │ │ ├── QuickHelpJDialog.java
│ │ │ ├── QuickHelpPane.java
│ │ │ ├── ScipionParams.java
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│ │ │ ├── Task.java
│ │ │ ├── TaskTimer.java
│ │ │ ├── XmippDialog.java
│ │ │ ├── XmippFileChooser.java
│ │ │ ├── XmippFilePreview.java
│ │ │ ├── XmippFileView.java
│ │ │ ├── XmippLabel.java
│ │ │ ├── XmippMenuBarCreator.java
│ │ │ ├── XmippMenuCreator.java
│ │ │ ├── XmippMessageDialog.java
│ │ │ ├── XmippMessage.java
│ │ │ ├── XmippPopupMenuCreator.java
│ │ │ ├── XmippQuestionDialog.java
│ │ │ ├── XmippResource.java
│ │ │ ├── XmippStringUtils.java
│ │ │ └── XmippWindowUtil.java
│ │ └── viewer
│ │ ├── ctf
│ │ │ ├── CommandTask.java
│ │ │ ├── CTFAnalyzerImagePane.java
│ │ │ ├── CTFAnalyzerJFrame.java
│ │ │ ├── CTFCanvas.java
│ │ │ ├── CTFRecalculateImageWindow.java
│ │ │ ├── EstimateFromCTFTask.java
│ │ │ ├── iCTFGUI.java
│ │ │ ├── iTaskCompletionListener.java
│ │ │ ├── SortPSDSTask.java
│ │ │ └── TasksEngine.java
│ │ ├── FloatRenderer.java
│ │ ├── ImageDimension.java
│ │ ├── ImageItemRenderer.java
│ │ ├── JMetaDataIO.java
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│ │ │ ├── ClassInfo.java
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│ │ │ ├── MetadataGalleryTableModel.java
│ │ │ ├── MetadataRowTableModel.java
│ │ │ ├── MetadataTableModel.java
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│ │ ├── particlepicker
│ │ │ ├── ColorHelper.java
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│ │ │ ├── extract
│ │ │ │ ├── ExtractCanvas.java
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│ │ │ │ │ ├── ImportParticlesFromFilesTiltPairJDialog.java
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│ │ │ │ ├── model
│ │ │ │ │ ├── TiltedMicrograph.java
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│ │ │ │ │ ├── UntiltedMicrograph.java
│ │ │ │ │ └── UntiltedParticle.java
│ │ │ │ └── TiltPairPickerRunner.java
│ │ │ └── training
│ │ │ ├── AutopickRunnable.java
│ │ │ ├── CorrectAndAutopickRunnable.java
│ │ │ ├── gui
│ │ │ │ ├── MicrographsTableModel.java
│ │ │ │ ├── SupervisedPickerCanvas.java
│ │ │ │ ├── SupervisedPickerJFrame.java
│ │ │ │ └── TemplatesJDialog.java
│ │ │ ├── model
│ │ │ │ ├── AutomaticParticle.java
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│ │ │ │ ├── GenericClassifier.java
│ │ │ │ ├── ManualParticle.java
│ │ │ │ ├── MicrographState.java
│ │ │ │ ├── Mode.java
│ │ │ │ ├── ParticleToTemplatesTask.java
│ │ │ │ ├── SupervisedParticlePicker.java
│ │ │ │ └── SupervisedPickerMicrograph.java
│ │ │ ├── SupervisedPickerRunner.java
│ │ │ └── TrainRunnable.java
│ │ ├── RowHeaderRenderer.java
│ │ ├── scipion
│ │ │ ├── ScipionGalleryData.java
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│ │ └── windows
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│ │ ├── ColumnsJDialog.java
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│ │ ├── MDSearchJDialog.java
│ │ ├── PlotJDialog.java
│ │ ├── SaveImagesJDialog.java
│ │ ├── SaveJDialog.java
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│ │ └── Worker.java
│ ├── LICENSE
│ ├── README.md
│ ├── resources
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Structure updated: xmipp3.24.12 - Poseidon